W skład Kliniki Pediatrii, Gastroenterologii i Żywienia wchodzą:

• oddział gastroenterologii
• poradnia gastroenetrologiczna
• stanowisko diagnostyczne 
• ośrodek innowacyjnych terapii nieswoistych zapaleń jelit
• pracownia endoskopowa
• pracownia motoryki

Dodatkowo w zakresie działalności dydaktyczno-naukowej w skład Kliniki wchodzę:

• pracownia dietetyki pediatrycznej