Pracownicy Kliniki Pediatrii, Gastroenterologii i Żywienia są członkami licznych towarzystw naukowych oraz pełnią w tych towarzystwach rozliczne funkcję przyczyniając się z jednej strony do edukacji wśród młodszych kolegów specjalistów lub osób szkolących się, jak również poprzez działalność naukowo-badawczą, do rozwoju dzieciny nauki jaką jest pediatria oraz gastroenterologia. 

Funkcje pełnione przez Pracowników Kliniki w Towarzystwach Naukowych:

• dr hab. med., prof. UJ Kinga Kowalska- Duplaga– przewodnicząca sekcji endoskopowej Polskiego Towarzystwa Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci;
• dr hab. med., prof. Małgorzata Sładek– członek grupy roboczej Porto działającej w ramach European Society for Pediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN);
• dr hab. med. i n. o zdr. Agnieszka Kozioł-Kozakowska– członek zarządu Polskiego Towarzystwa Otyłości Dziecięcej, członek założyciel tego towarzystwa; 
• dr n. med. Anna Stochel-Gaudyn– sekretarz Intestinal Ultrasound Interest Group działającej w ramach European Society for Pediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN); ambasador International Bowel Ultrasound Group (IBUS) działającej w ramach European Crohn’s and Colitis Organisation (ECCO);
• lek. med. Łukasz Cichy– skarbnik zarządu krakowskiego oddziału Polskiego Towarzystwa Pediatrycznego

Pracownicy Kliniki Pediatrii, Gastroenterologii i Żywienia są członkami zwyczajnymi następujących towarzystw: 

• Polskie Towarzystwo Pediatryczne
• Polskie Towarzystwo Dietetyków
• Polskie Towarzystwo Otyłości Dziecięcej
• Polskie Towarzystwo Gastroenterologii, Hepatologii i Żywienia Dzieci
• Polskie Towarzystwo Żywienia Klinicznego Dzieci
• Polskie Towarzystwo Ultrasonografii 

• European Society for Pediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN)
• European Crohn’s and Colitis Organisation (ECCO)
• International Bowel Ultrasound Group (IBUS)